A legtöbb e-kereskedelmi vállalkozásnak fontos része a komissiózás, amely a raktárban levő termékek rendezéséről és a megrendelések előkészítéséről, majd feladásáról szól többek között.

Azonban ebben a folyamatban adódhatnak jelentős problémák, amelyek veszteséget okozhatnak a vállalkozásnak és nagyon fontos ezeknek a mielőbbi megoldása.

Előfordulhat, hogy a rendelések nincsenek priorizálva, amely hatására alapértelmezett módon gyakran a legfrissebb rendelési tételek kerülnek előtérbe. Ez azt jelentheti, hogy a régebbi vagy fontosabb rendeléseket figyelmen kívül hagyják. Mondani sem kell, hogy ez miért jelent katasztrófát. A probléma megoldásához megfelelő komissiózási módszert kell találni a raktári rendelések rendezésére.

Egy másik kihívás a komissiózásban, az lehet, amikor túl sok válogató dolgozik egyszerre, amely hatására a vállalkozás valószínűleg több pénzt fog költeni a munkára, mint amennyit cserébe visszakap. Az egy műszakhoz szükséges komissiózók számának a csökkentésére az egyik leghatékonyabb mód az automatizálás bevezetése a raktárba. Az automatizálásnak javítania kell a komissiózás hatékonyságát, ami azt jelenti, hogy kevesebb dolgozóra lesz szükségük azonos mennyiségű megrendelés teljesítéséhez.

Végül pedig a rögzített helyek miatt adódó nehézségekre is érdemes hangsúlyt tenni, amelyek kiküszöbölik a rugalmasság lehetőségét, hogy szükség esetén a nagy keresletű cikkeket a csomagolópadhoz közelebb helyezzék el. Ez egyben azt is jelentheti, hogy a raktárterület nincs teljesen optimalizálva, ami plusz pénzbe és erőforrásokba kerülhet. Egy WMS bevezetése nagyon előnyös lehet a komissiózás esetében, amely lehetővé teszi a dinamikus helymeghatározást. Ez azt jelenti, hogy több raktározási egységet is elhelyezhet egy helyen, valamint egyetlen egységet is elhelyezhet több helyen. Ezzel sokkal jobban képes kihasználni a raktár terét, pénzt takarít meg, és elhalasztja a nagyobb telephelyre költözés szükségességét.